Foi o segundo filho de D. Afonso de Noronha e de D. Maria de Eça, portanto neto dos 1º Condes de Alcoutim.
O Noronha foi buscá-lo ao avô que para usufruir dos títulos dos Vila Real teve que prescindir do Noronha e optar pelo Meneses.
Tendo falecido o irmão D. Fernando de Noronha, sucedeu na Casa de seu pai, como Comendador de Olalhas, da Castanheira e de São Martinho de Ranhados, na Ordem de Cristo.
Faz parte do Conselho de Estado de D. Sebastião, comandou um terço constituído por camponeses, sem a mínima instrução militar, na batalha de Alcácer-Quibir , escondendo-se cheios de terror, debaixo das carretas e que acabou destroçado pela artilharia do inimigo.
D. Miguel de Noronha foi feito prisioneiro.
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[Igreja do Convento de S. Domingos, em Santarém] Com mais quatro fidalgos é nomeado para ir a Lisboa reunir a elevada quantia do resgate colectivo de oitenta portugueses de linhagem, cativos naquela batalha.
Após o resgate que englobou cerca de oitenta cativos, exerceu o cargo de aposentador-mor de El-Rei D. Filipe II e foi nomeado Capitão e Governador de Ceuta.
Casou com D. Joana de Vilhena, filha de D. Diogo Lobo, Barão de Alvito e tiveram cinco filhos.
Ficou sepultado no Mosteiro de São Domingos de Santarém há muito desaparecido.
D. Joana de Vilhena, depois de viúva, professou e foi freira no Convento da Anunciada, em Lisboa.
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História Genealógica da Casa Real Portuguesa, António Caetano de Sousa, Edição QuidNovi/Público – Academia Portuguesa da História, 2007, Vol V
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